第二届全国人民代表大会常务委员会第九次会议1959年9月17日举行。会议讨论了毛泽东主席9月14日提出的中共中央关于特赦确实已经改恶从善的战争罪犯、反革命罪犯和普通刑事罪犯的建议。通过了《关于特赦确实改恶从善的罪犯的决定》,《关于直辖市和较大的市可以领导县、自治县的决定》。
会议决定任命林彪兼任国防部部长,免去彭德怀所兼任的国防部部长职务;任命罗瑞卿兼任解放军总参谋长,免去黄克诚的总参谋长职务;任命谢富治为公安部部长,免去罗瑞卿所兼任的公安部部长职务。会议还通过最高人民法院和最高人民检察院提请决定任免、撤职的名单,任命王维纲为最高人民法院副院长。通过了最高人民检察院提请批准的一些省、自治区、直辖市检察长、副检察长、检察委员会委员、检察员任免名单。